Les audits sont réalisés sous la co-maîtrise d'ouvrage du ministère intéressé (qui s'appuie sur le secrétaire général et ses équipes de modernisation) et du ministère chargé du Budget et de la Réforme de l'État (qui s'appuie notamment sur la direction générale de la modernisation de l'État).
Chaque audit de modernisation est confié à une mission composée :
Créée le 1er janvier 2006, la DGME regroupe les quatre structures intervenant jusqu'alors en matière de réforme de l'État (délégation de la modernisation de la gestion publique et des structures de l'État, délégation aux usagers et aux simplifications administratives, agence pour le développement de l'administration électronique, direction de la réforme budgétaire).
La DGME intervient au niveau de l'élaboration et de la consolidation des plans d'audit ministériels et elle assure le lancement, le cadrage et le suivi des audits. Enfin, elle accompagne les ministères dans leurs réformes et les soutient lors de la mise en œuvre des recommandations des audits.
Les audits visent à radiographier le fonctionnement de l'État, en vue d'améliorer la qualité du service rendu tout en optimisant les coûts.
Le programme d'audits est constitué d'audits ministériels et d'audits transverses, concernant l'ensemble des ministères, tels que l'optimisation des achats de l'État, la gestion administrative et de la paye des personnels, l'archivage, le dispositif d'accueil de l'administration et la gestion de son parc bureautique.